Eliza Dushku nacque a Watertown, Middlesex County, Massachusetts, nei pressi di Boston, da Philip R. Dushku, un amministratore e insegnante nelle scuole pubbliche di Boston e Judith "Judy" Rasmussen, un'insegnante di scienze politiche. Il padre di Eliza è albanese naturalizzato statunitense e la madre è danese, statunitense per parte dei nonni. Ha tre fratelli più grandi, Aaron, Benjamin (nato il 5 febbraio 1976) e Nate, che è un modello e attore. Frequentò la Beaver Country day school a Chestnut Hill e si diplomò alla Watertown High School. Nel 2005 visitò la famiglia del padre in Albania dopo essere stata personalemente invitata dal presidente. Mentre era lì visitò anche la comunità albanese del Kosovo. Ha un'aquila albanese tatuata dietro il collo.